Akatsuki
Fue, en sus comienzos, una organización que buscaba acabar con la tiranía y la opresión a través de medios pacíficos, pero que pronto cambiaría sus métodos hasta volverse una organización criminal constituida por varios ninjas renegados de Clase S que se convirtieron en los principales antagonistas de la serie Naruto: Shippūden.
Fundada por Yahiko, esta organización era temida por todo el mundo debido a sus tremendos poderes y su naturaleza despiadada. Su principal objetivo fue el de capturar a los jinchūriki para extraerles sus Bestias con Cola, sellarlas en la Estatua Demoníaca del Camino Exterior y de esa manera despertar al Diez Colas, la criatura más poderosa del universo. La mayoría de sus integrantes se encontraban anexados en las páginas del Libro Bingo por lo cual se tenía la orden de matarlos apenas se les viera.
Itachi Uchiha
Kisame Hoshigaki

Konan
Era la fiel amiga y compañera de Yahiko y Nagato. Fue el único miembro conocido de género femenino de la organización Akatsuki y poseía un talento natural para el origami.
Deidara

Sasori
También conocido como Sasori de la Arena Roja (赤 砂 の サソリ, Akasuna no Sasori), era el nieto de Chiyo y miembro de Akatsuki. Llevaba el anillo 玉 (tama, esfera) en el pulgar izquierdo. Tenía como compañero a Deidara y antes a Orochimaru (hasta que éste desertó).
Hidan

Era el segundo miembro más nuevo del Akatsuki, Kisame se refiere a Hidan y Kakuzu como el "duo Zombie" debido al hecho de que en cierto sentido, no podían morir.
Kakuzu
Fue un ninja renegado deTakigakure y miembro de Akatsuki. Su compañero fue Hidan. Llevaba el anillo 北斗 (Hokuto, Estrella del Norte) en el dedo medio izquierdo. A pesar de la mutua antipatía entre ambos, su trabajo en equipo fue casi perfecto, porque se complementaban mutuamente. Kisame Hoshigaki se refiere a Hidan y Kakuzu como el “dúo zombi”, ya que prácticamente no podían morir.
Nagato
Mejor conocido como Pain, era uno de los más poderosos shinobi, y el líder reconocido de Akatsuki y de Amegakure. Todos los miembros de Akatsuki se referían a él como “Líder”, excepto Konan quien lo llamaba por su nombre, Pain. También era usuario del dōjutsu legendario, el Rinnegan, quien fue dado por Madara Uchiha antes de su muerte e implantado en Nagato cuando sólo era un niño. En su estadía en la organización trabajaba con Konan y recibía órdenes de Obito en secreto desde las sombras.
Fue un jutsu utilizado por Nagato, el cual sirvió como su representación en Akatsuki. Permitió a Nagato controlar seis cuerpos distintos, como si fuesen el suyo propio. Cada uno de estos cuerpos fueron cadáveres reanimados, los cuales hicieron uso del chakra de Nagato. Mientras los controlaba, Nagato utilizó el alias de "Pain", y aun así los consideraba como algo separado de sí mismo. Todos, los seis caminos, fueron destruidos por Naruto Uzumaki durante la invasión de Pain a Konohagakure. Más tarde, Tobi utiliza algunos ex-Jinchuriki como sus propios Caminos Del Dolor.
Zetsu Negro

Zetsu Blanco
Era uno de los primeros humanos afectados por el Tsukuyomi Infinitoque se encontraban dentro de la Estatua Demoníaca del Camino Exterior, hasta que cuando finalmente Madara Uchiha lograra invocarla, fue sacado de la estatua por el Zetsu Negro e influenciado por el ADN de Hashirama Senju. Posee una mitad conocida como Zetsu Negro, el cual aparentemente era la voluntad de Madara, pero en realidad era el tercer hijo de Kaguya Ōtsutsuki.